La Direction générale s'assure notamment du maintien d'un service à la clientèle de qualité et de la mise en place d’initiatives favorisant l'engagement et la mobilisation des employés.  

Elle supervise également les activités entourant les affaires juridiques, publiques et gouvernementales et voit au maintien de liens efficaces et empreints de collaboration avec les divers partenaires de la Fédération. La Direction générale supervise enfin toutes les actions et initiatives découlant de la planification stratégique de la FMSQ.

Dans le cadre de ses activités, la Direction des affaires économiques fournit les outils et études économiques nécessaires aux représentations de la FMSQ pour tout ce qui a trait à l'Accord-cadre avec le ministère de la Santé et des Services sociaux (MSSS), ainsi que les annexes et le renouvellement qui en découlent.

Elle soutient également les médecins spécialistes ayant des questions en lien avec la facturation des actes médicaux à la Régie de l’assurance maladie du Québec (RAMQ). 

La négociation des ententes, menée par la Direction des affaires juridiques et de la négociation, se fait dans un processus continu avec le MSSS, mais aussi avec d'autres organismes gouvernementaux qui bénéficient de l'expertise de médecins spécialistes, tels que la Société de l’assurance automobile du Québec (SAAQ), la Commission des normes, de l’équité, de la santé et de la sécurité du travail (CNESST), Services Correctionnels Canada ou Retraite Québec.

La Direction des affaires juridiques et de la négociation participe aussi aux négociations continues pour répondre à diverses problématiques ponctuelles. La négociation générale de l'Accord-cadre se fait sur une plus longue période, variant généralement de trois à quatre ans. 

Cette direction offre aussi un service-conseil aux médecins spécialistes notamment en ce qui a trait à leurs droits et obligations en établissement et à leur pratique en cabinet.

Dans le cadre de ses activités, la Direction des affaires professionnelles voit notamment à l'évaluation des besoins en lien avec la répartition des effectifs médicaux sur l'ensemble du territoire québécois selon une organisation optimale des services médicaux spécialisés. Elle collabore aussi annuellement à l'élaboration de la Politique triennale des inscriptions dans les programmes de formation en médecine.

Enfin, la Direction des affaires professionnelles est un partenaire du Programme d'aide aux médecins du Québec, le seul organisme dédié à la santé et au bien-être des médecins, résidents et étudiants en médecine au Québec. 

La Direction des affaires publiques et des communications transmet aux médecins spécialistes les informations à jour sur les activités, orientations, prises de position de la FMSQ et autres sujets d'importance pour ses membres. Elle produit aussi, pour ses membres et pour tous ceux qui sont intéressés par les enjeux entourant la médecine spécialisée au Québec, divers outils de communication dont le e-magazine Le Spécialiste. Elle assure aussi la présence de la Fédération dans les médias sociaux.

Enfin, la Direction des affaires publiques et des communications représente la FMSQ dans ses relations avec ses partenaires, les médias, les instances gouvernementales et les organismes du milieu de la santé.

Partenaire dans la planification et la prestation des soins de santé de qualité au Québec, la Direction du développement professionnel continu a pour mission d'optimiser et de soutenir l’amélioration continue des compétences et de la pratique des médecins spécialistes afin de contribuer à l’amélioration de la qualité des soins à la population.

Pour soutenir les médecins dans leurs apprentissages et veiller à ce que la formation qui leur est offerte répond aux plus hauts standards de qualité, la Direction du développement professionnel continu tient annuellement les Journées de formation interdisciplinaire, le plus grand congrès en médecine spécialisée au Canada qui allie ateliers de formation et simulations. La Direction du développement professionnel continu offre également différentes activités de formation sur la plateforme d'apprentissage en ligne MÉDUSE et de nombreux webinaires sur des sujets variés.

La Direction du développement professionnel continu est aussi un organisme reconnu pour l'accréditation des activités de développement professionnel continu. À ce titre, elle peut accréditer les activités de formation de tiers afin qu'elles puissent être reconnues par le Collège des médecins du Québec et le Collège Royal des médecins et chirurgiens du Canada.

Enfin, la Direction du développement professionnel continu s'intéresse à la recherche et aux projets d'innovation dans son champ d'intervention.

Dans le cadre de ses activités, la Direction des opérations gère notamment les opérations internes et encadre les pratiques du personnel de la FMSQ. Elle s'occupe de la gestion des finances et des locaux de l'organisation ainsi que des infrastructures informatiques.